Durante el pasado mes de marzo, se celebró en el Laboratorio de Oceanografía de Villefranche-sur-Mer (Francia) un Workshop sobre el PlanktoScope, al que asistieron nuestras compañeras Nerea Valcárcel y Elena Pérez de Rubín.
Un total de 11 técnicos e investigadores de distintos países participaron en el workshop. Durante una semana, realizaron la puesta en marcha del instrumento, incluyendo su calibración. Así, llegaron a aprender los fundamentos de utilización del PlanktoScope y posterior identificación de imágenes con Ecotaxa, de forma que al regresar a sus centros de trabajo fueran completamente autónomos en su utilización. Además, también se les enseñó cómo trabajar los datos ya generados, con herramientas tanto de R como de Matlab.
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Foto de los participantes del
workshop sobre el PlanktoScope |
PlanktoScope es un microscopio digital, compacto y económico
formado por distintos módulos, el cual permite generar imágenes cuantitativas
de alto rendimiento a partir de muestras de plancton.
Gracias a este instrumento, nos permite obtener desde cientos
a miles de imágenes de los distintos microorganismos encontrados en tan sólo
una muestra de plancton. Tiene una capacidad para analizar organismos de 20 a
200 µm.
El instrumento está formado por varios elementos, como un
burbujeador con una jeringuilla conectada a la muestra, por la que pasan
pequeñas burbujas de aire y así permite la resuspensión de los
microoorganismos, evitando su sedimentación. También consta de una bomba que
hace pasar la muestra a través de la cámara de flujo, y de una cámara con la
que se toman fotografías de los organismos planctónicos.
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| Imagen del PlanktoScope |
De esta manera, se obtienen imágenes cuantitativas de la
muestra, lo cual tiene múltiples ventajas:
- Se
toman las imágenes de una manera estándar
- Tenemos
imágenes de una muestra completa (no de una parte)
- Nos
permite guardar las imágenes en el ordenador, en archivos digitales
- Podemos
medir el tamaño de los organismos, y calcular su biovolumen
- Nos
da información de las abundancias
- Las
imágenes tienen asociados metadatos
Por otro lado, la principal desventaja de este método es:
- La
resolución taxonómica, es relativamente baja comparada con técnicas genómicas,
normalmente no se puede alcanzar la identificación a nivel de especie.
Más abajo podemos ver imágenes generadas por el planktoscope.
El workshop estuvo enmarcado en el proyecto BIOCEAN5D que
tiene como objetivo principal explorar la biodiversidad en 5 dimensiones (las
tres espaciales, el tiempo y el impacto humano). Para ello se han propuesto
crear un observatorio europeo de biodiversidad en el que las muestras sean
recogidas de forma coordinada y consistente en cada uno de los lugares. Para ello,
se ha dotado de 50 PlanktoScopes a diferentes instituciones de investigación
marina repartidas por toda Europa, en el caso de esta edición del Workshop
participaban tanto nuestras compañeras del Centro Oceanográfico de Málaga del
IEO como otras compañeras del Instituto de Ciencias Marinas del CSIC.
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| Alumnos del workshop durante una de las clases |
Este esfuerzo de estandarización a nivel europeo
tanto de muestreo como procesado, puede resultar un punto de partida
interesante también de cara a mejorar la consistencia de los datos aportados
por cada país a los diferentes programas de seguimiento de EEMM y DMA, por
ejemplo.
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