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Visita de las Licenciadas Aime Valle y Yeliany Martínez al C.O. Málaga

27 de junio de 2022

Durante la segunda quincena de junio, las Licenciadas Aime Valle y Yeliany Martínez, investigadoras del Centro de Estudios Ambientales de Cienfuegos (CEAC, Cuba) han realizado una estancia de formación en nuestro grupo gracias a una ayuda del proyecto internacional IWEco (Conservación y uso sostenible de la biodiversidad desde el enfoque de manejo integrado de cuencas y áreas costeras en Cuba). Este proyecto tiene como objetivo conservar, proteger y asegurar el uso sostenible de la diversidad biológica de Cuba en apoyo al desarrollo socio-económico del país, en beneficio de las generaciones actuales y futuras, y la rehabilitación de cuatro cuencas hidrográficas y sus ecosistemas costeros de las actividades antropogénicas más dañinas y los efectos del cambio climático. Por ello, la formación tanto práctica como teórica se ha centrado en el aprendizaje de diferentes técnicas metodológicas aplicadas al estudio de la eutrofización y la biodiversidad del microplancton marino.
 
 
El microplancton marino (organismos menores a 200 micras) tiene un papel central en los servicios ecosistémicos que proporcionan nuestros mares, y juega un papel muy importante en la red trófica marina, componiendo su base y siendo el punto de unión con niveles tróficos superiores. El cambio global y la actividad antropogénica están afectando a sus comunidades y al mantenimiento de los servicios ecosistémicos que proveen, dando lugar a importantes problemas que están impactando sectores relevantes de la actividad económica andaluza (proliferación de medusas, mareas rojas, eutrofización, disminución de pesquerías artesanales). Por tanto, el microplancton es un indicador clave en los programas de seguimiento impulsados por la legislación europea para garantizar el buen estado ambiental de nuestros mares (DMA, DMEM).
 
Aimee y Yeliany en el laboratorio de biología molecular, extrayendo ADN de muestras de microplancton

Visita de la Dra. Silvia Pajares al C. O. Málaga

5 de noviembre de 2019


Durante la última semana de Octubre, la Dra. Silvia Pajares, investigadora del Instituto de Ciencias del Mar y Limnología (Universidad Nacional Autónoma de México, UNAM) ha realizado una breve estancia de investigación en nuestro grupo gracias a una ayuda de la Red de Científicos Españoles en México. Su línea de investigación se centra en el estudio de las comunidades microbianas en zonas de mínimo de oxígeno. Dichas zonas se están expandiendo a consecuencia del calentamiento global y la eutrofización costera, afectando a las comunidades microbianas y, en consecuencia, a los ciclos de nutrientes, en especial al ciclo del nitrógeno. Por lo tanto, el agotamiento del oxígeno en los océanos afecta negativamente al equilibrio climático, ya que induce mayores pérdidas de nitrógeno en forma de N2O,  y a la salud de los océanos, porque impacta negativamente en los servicios de los ecosistemas marinos, con pérdidas de hábitat y de la producción pesquera.


Imagen del seminario impartido por Silvia en el C. O. Málaga. 

Curso de análisis semi-automático del plancton en el C. O. Málaga

4 de julio de 2019

Durante los días 11 y 12 de junio, se realizó en el C. O. Málaga un curso de análisis semi-automático del plancton.

El curso fue impartido por Nerea Valcárcel, del Laboratorio de Plancton, y a él asistieron: César Vilas, Invesigador titular del IFAPA El Toruño, Franciscó Baldo. Investigador titular del C. O. Cádiz (IEO), Maria Couret Huertas, alumna de máster de la Universidad de las Palmas de Gran Canaria y Jessica Vannini, alumna de máster de la Universidad del Salento. 

Participantes en el Curso de Análisis de Imagen del plancton. C. O. Málaga, junio de 2019. De izda a derecha: Jessica Vannini, Maria Couret, Nerea Valcárcel, Francisco Baldo y César Vilas. 

POGO Workshop on Machine Learning and Artificial Inteligence in Biological Oceanographic Observations

24 de mayo de 2019


Asistentes y organizadores del POGO Workshop on Machine Learning and Artificial Inteligence

Durante los días 20 al 22 de mayo de 2019, se celebró en la ciudad de Ostende (Bélgica), el taller “POGO Workshop on Machine Learning and Artificial Intelligence” organizado por el Grupo de Trabajo de Observaciones Biológicas de POGO (Asociación Mundial para la Observación del Océano Global) en el Instituto de Ciencias Marinas de Flandes, VLIZ. El taller estuvo enfocado al aprendizaje y aplicación de las técnicas de aprendizaje automático (Machine Learning) en tres áreas de estudio del medio marino, análisis de imagen, acústica y genómica.

Visita de Elena Rey y Gelines Louro al Laboratorio de Plancton del C. O. Málaga

25 de febrero de 2019

Siguiendo la línea de transferencia de tecnología que llevamos en el Laboratorio de Plancton, la semana pasada tuvimos una nueva visita. Elena Rey y Gelines Louro del C. O. la Coruña, se desplazaron hasta Fuengirola para conocer el funcionamiento del sistema de análisis de imagen de plancton que nosotros utilizamos.

Gelines Louro, Nerea Valcárcel y Elena Rey en el laboratorio de biología del C. O. Málaga.

Análisis de imagen del plancton I: Introducción

27 de septiembre de 2018

Como os hemos contado en posts anteriores, este blog cumple una doble función, y una de ellas es la transferencia de tecnología, es decir, ofrecer asistencia técnica en la implantación de métodos de análisis de imagen del zooplancton. Pero...

 ¿Qué son los métodos de análisis de imagen?

Los métodos de análisis de imagen (en nuestro caso aplicados al zooplancton) consisten en un grupo de tecnologías que permiten la adquisición de imágenes procedentes de las muestras, la identificación de las partículas presentes en esas imágenes y la clasificación en grupos de cada partícula en diferentes grupos de interés.

Sistema de análisis de imagen utilizado en el Laboratorio de Plancton, compuesto por escáner Epson Photo
Perfection v700 Photo, ordenador de sobremesa y en pantalla, aplicación online de clasificación Ecotaxa. 

¿Por qué los utilizamos?


Durante las campañas oceanográficas el tiempo es oro, ya que debemos aprovechar la disponibilidad de barcos para realizar nuestro trabajo de campo. Es por ello que mientras estamos en el mar, recogemos todas las muestras posibles para luego tener trabajo que realizar en el laboratorio hasta que volvamos a tener la oportunidad de salir de nuevo a muestrear. Por ello, siempre que volvemos de una campaña lo hacemos con un montón de muestras que analizaremos en el laboratorio a lo largo de los siguientes meses. El recuento manual de organismos planctónicos es una labor que requiere mucho tiempo y una alta especialización en el caso de la identificación de los diferentes organismos a nivel de especies. Esto hace que los análisis sean lentos y que los análisis de plancton constituyan por lo general el cuello de botella en el desarrollo de los proyectos de investigación oceanográfica. Es por ello, que con el paso del tiempo y los avances tecnológicos se han ido desarrollando tecnologías, como el análisis de imagen, que facilitan este trabajo haciéndolo mucho más rápido.

Visita de Iñaki Franco al Laboratorio de Plancton del C. O. Málaga

8 de agosto de 2018

Como anunciamos en el primer post, este blog cumple una doble función y una de ellas, es la de proporcionar apoyo a otros grupos de investigación para la implementación principalmente, de métodos de análisis de imagen del plancton. En este sentido, y en el contexto del proyecto Mar Menor en el que el Laboratorio de Plancton participa, hace unas semanas se desplazó hasta Fuengirola Ignacio Franco Navarro, Técnico de I+D+i del Centro Oceanográfico de Murcia.

Iñaki y Nerea en el laboratorio de biología del C. O. Málaga mientras Nerea le enseña la aplicación web Ecotaxa.

Introducción

10 de abril de 2018

El blog Laboratorio de Plancton, nace con el fin de prestar asistencia técnica en la identificación o implementación de métodos automáticos de análisis de imagen para el estudio del plancton, especialmente en el caso del zooplancton. 

Esta propuesta forma parte del proyecto con el cual Nerea Valcárcel Pérez obtuvo una ayuda para contratos de Personal Técnico de Apoyo en la convocatoria 2016 del Programa Estatal de Promoción del Talento y su Empleabilidad en I+D+i del Ministerio de Economía, Industria y Competitividad.

Nerea es la administradora del blog, y es especialista en el uso de métodos automáticos para el estudio de las comunidades planctónicas, habiendo profundizado además en la caracterización taxonómica tradicional de copépodos a nivel de especie. Actualmente se encuentra trabajando en la creación de los sets de entrenamientos necesarios para la identificación de muestras de mesozooplancton del Mediterráneo español. Esta página se concibe como una herramienta de transferencia de tecnología, a través de la cual Nerea podrá prestar apoyo técnico a las entidades que lo requieran, incluyendo la resolución de dudas taxonómicas mediante identificación de especímenes o el asesoramiento en la puesta a punto de equipamientos de análisis de imagen.

Además, el blog también pretende ser un canal divulgativo en el que se recogerá y dará difusión a la actividad investigadora que se realiza en el Laboratorio de Plancton del Centro Oceanográfico de Málaga, enmarcado dentro del grupo de investigación ECOALBORAN. Para ello en futuras publicaciones se irán dando a conocer las nuevas prestaciones del laboratorio así como los resultados más importantes de las actividades que se vayan desarrollando. Además a través de esta vía podrán resolverse también (por parte de Nerea o cualquier otro de los miembros del equipo de trabajo) las dudas que se planteen desde la comunidad científica, estudiantes o público en general. 

Esperamos que os resulte interesante la iniciativa y quedamos a vuestra disposición. 


Laboratorio de Plancton