Ha pasado una década desde la primera aplicación de la técnica de metabarcoding de ADN para la detección e identificación de zooplancton marino en muestras ambientales procedentes de pescas con redes de plancton. En la actualidad, el fragmento (“amplicón”) más utilizado es el denominado miniCOI, que amplifica una región del gen mitocondrial que codifica para la enzima Citocromo Oxidasa 1 (COI). Esta región del ADN mitocondrial se postula como posible alternativa a la taxonomía morfológica por microscopía, debido a su alta resolución taxonómica (a nivel de especie) y a la existencia de bases de referencia exhaustivas. Sin embargo, era necesaria una evaluación crítica del rendimiento de los distintos cebadores (“primers”) disponibles, identificando sus pros y sus contras.
Con este objetivo, tres miembros del Grupo de Expertos en Taxonomía Integrada Morfológica y Molecular del Consejo Internacional para la Exploración del Mar (ICES WGIMT) hemos realizado una metasíntesis bibliográfica aunando los trabajos en los que se han identificado comunidades de plancton marino simultáneamente mediante metabarcoding con miniCOI y mediante microscopía y/u otros marcadores genéticos “universales” (con capacidad en principio para detectar la mayoría de los grupos faunísticos) (Figura 1).
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Figura 1. Esquema del proceso de búsqueda bibliográfica y metasíntesis de resultados. Obtuvimos un listado final de 30 trabajos analizando el rendimiento del miniCOI versus microscopía u otros marcadores universales. |
