Durante los días 11 y 12 de junio, se realizó en el C. O. Málaga un curso de análisis semi-automático del plancton.
El curso fue impartido por Nerea Valcárcel, del Laboratorio de Plancton, y a él asistieron: César Vilas, Invesigador titular del IFAPA El Toruño, Franciscó Baldo. Investigador titular del C. O. Cádiz (IEO), Maria Couret Huertas, alumna de máster de la Universidad de las Palmas de Gran Canaria y Jessica Vannini, alumna de máster de la Universidad del Salento.
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| Participantes en el Curso de Análisis de Imagen del plancton. C. O. Málaga, junio de 2019. De izda a derecha: Jessica Vannini, Maria Couret, Nerea Valcárcel, Francisco Baldo y César Vilas. |
A lo largo de los dos días de curso, Nerea asistió a los participantes primero en la instalación y puesta a punto del software necesario (Zooprocess) en sus ordenadores de trabajo, de forma que una vez de vuelta en sus laboratorios pudieran arrancar con los análisis sin inconvenientes.
Posteriormente, Nerea explicó la estructura de archivos y metadatos necesaria para que Zooprocess funcione. Comenzaron trabajando con unas imágenes de ejemplo que Nerea les facilitó y posteriormente se analizaron imágenes propias que algunos de los participantes habían llevado.
El segundo día estuvo dedicado a Ecotaxa, la herramienta web utilizada para la identificación automática de las imágenes. Los participantes aprendieron a crear un proyecto, importar las imágenes y sus datos asociados y posteriormente a crear un set de entrenamiento, realizar predicciones y validar los resultados.
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| Participantes durante una de las sesiones del curso. |
También aprendieron a evaluar los diferentes parámetros de precisión del set de entrenamiento y cómo repetir el proceso cíclicamente hasta que dichos valores sean adecuados. Por último pudieron descargar los resultados para su posterior interpretación científica. Finalmente, los participantes tuvieron la oportunidad de consultar todas las dudas que les habían surgido a lo largo del proceso, de forma que volvieran a sus puestos de trabajo con todo el proceso claro.
Si quieres comenzar a utilizar Zooprocess, el Laboratorio de Plancton pone a tu disposición el protocolo realizado por Nerea para los participantes en el curso. Puedes descargarlo aquí.
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