9º Curso de Introducción a la Bioinformática Viral

 

Del 15 al 19 de junio de 2026 tuvo lugar la novena edición del curso “Introduction to Viral Bioinformatics Training Course”, organizado por el Centre for Virus Research (CVR) de la Universidad de Glasgow. En esta edición participaron 16 alumnos internacionales, entre ellos el estudiante de doctorado Jorge Juan Santos Bruña, integrante del grupo de Ecología del Plancton y Retos Ambientales (EPRA) del Centro Oceanográfico de Málaga (IEO-CSIC), gracias al apoyo del European Marine Board (EMB) a través de su programa EMB Young Ambassador. Jorge desarrolla su tesis doctoral sobre las interacciones virus-hospedador en comunidades planctónicas asociadas a gradientes tróficos en el medio marino. En este contexto, la formación recibida, centrada en el análisis bioinformático de secuencias víricas obtenidas a partir de datos metagenómicos, resulta especialmente relevante para avanzar en los objetivos de su investigación y reforzar las herramientas metodológicas necesarias para el desarrollo de su tesis.

Docentes y participantes del 9º Curso de Introducción a la Bioinformática Viral

La formación estuvo estructurada en varios módulos que abordaron las principales etapas del análisis bioinformático. El programa comenzó con una introducción al lenguaje BASH, dirigida especialmente a participantes sin experiencia previa en entornos de línea de comandos. Esta primera toma de contacto permitió adquirir conocimientos básicos sobre el manejo de sistemas Linux, la gestión de archivos y directorios y la automatización de tareas mediante scripts, competencias fundamentales para el desarrollo de análisis bioinformáticos eficientes.

Posteriormente, los asistentes se familiarizaron con las fases iniciales del procesamiento de datos de secuenciación, incluyendo el control de calidad y la limpieza de lecturas metagenómicas. Para ello, se emplearon herramientas como FastQC y Trim Galore, que permiten detectar problemas de calidad en las secuencias obtenidas y eliminar regiones o adaptadores que puedan interferir en los análisis posteriores. Una vez completado el preprocesamiento, el curso abordó técnicas de alineamiento frente a genomas víricos de referencia y análisis de cobertura, utilizando herramientas basadas en los formatos SAM/BAM.

Además, se dedicó un bloque específico a la detección de variantes genéticas y a la generación de secuencias consenso, empleando programas como iVar y LoFreq. Estos análisis son especialmente relevantes en estudios de vigilancia genómica, ya que permiten identificar mutaciones presentes en poblaciones virales y reconstruir secuencias representativas a partir de los datos de secuenciación obtenidos.

Sesión práctica sobre la secuenciación Oxford Nanopore y la manipulación de las celdas MinION

El curso también profundizó en estrategias de ensamblaje de novo, una aproximación fundamental cuando no se dispone de un genoma de referencia adecuado o cuando se pretende descubrir nuevos virus. Durante las sesiones prácticas se comparó el rendimiento de distintas herramientas de ensamblaje, entre ellas SPAdes, IDBA_UD y ABySS, evaluando posteriormente la calidad de los ensamblajes mediante QUAST. Esta comparación permitió a los participantes comprender las ventajas y limitaciones de cada enfoque y seleccionar la estrategia más adecuada en función de las características de sus datos.

Otro de los módulos estuvo dedicado a la identificación de secuencias víricas en conjuntos de datos complejos. Para ello, se exploraron diversas metodologías para la detección de contigs víricos en datos metagenómicos, utilizando herramientas de búsqueda por homología proteica como DIAMOND y métodos de clasificación taxonómica basados en k-mers, como Kraken2. La formación concluyó con una introducción a la filogenética vírica, durante la cual los asistentes aprendieron a realizar alineamientos múltiples de secuencias con MAFFT y a reconstruir árboles filogenéticos mediante IQ-TREE. Este bloque permitió comprender cómo inferir relaciones evolutivas entre virus y situar nuevos genomas dentro de un contexto filogenético más amplio, una herramienta esencial para la vigilancia epidemiológica y el estudio de la evolución viral.

Más allá de las sesiones bioinformáticas, los participantes tuvieron la oportunidad de visitar las instalaciones del Centre for Virus Research y conocer de primera mano algunas de sus líneas de investigación principalmente centradas en el ámbito clínico humano y animal. Asimismo, asistieron a una sesión práctica sobre el uso de la tecnología de secuenciación de lectura larga de Oxford Nanopore Technologies, donde trabajaron con dispositivos MinION pudiendo experimentar la carga de sus correspondientes celdas de secuenciación. Durante esta actividad se discutieron las ventajas de esta tecnología portátil, capaz de generar datos en tiempo real y de ser utilizada fuera de laboratorios convencionales, lo que la convierte en una herramienta especialmente valiosa para la vigilancia ambiental, la monitorización de patógenos emergentes y la investigación científica en regiones remotas o de difícil acceso.