Como anunciamos en el primer post, este blog cumple una doble función y una de ellas, es la de proporcionar apoyo a otros grupos de investigación para la implementación principalmente, de métodos de análisis de imagen del plancton. En este sentido, y en el contexto del proyecto Mar Menor en el que el Laboratorio de Plancton participa, hace unas semanas se desplazó hasta Fuengirola Ignacio Franco Navarro, Técnico de I+D+i del Centro Oceanográfico de Murcia.
En el C.O. Murcia han adquirido recientemente un escáner para análisis de zooplancton y la visita de Iñaki estaba orientada a su próxima puesta en marcha. Durante los días que duró su visita al C.O. Málaga, Nerea, del Laboratorio de Plancton le enseñó a Iñaki todos los detalles sobre el proceso completo de análisis de una muestra. Comenzaron con la descarga e instalación del software necesario para realizar el trabajo, asegurándose de que estuviese completamente operativo en el ordenador de Iñaki. Posteriormente continuaron con la preparación de la muestra realizando la adquisición de imágenes de diferentes alícuotas. Una vez digitalizadas las imágenes, Nerea le explicó a Iñaki la estructura que deben tener los metadatos para asegurar que tanto el procesado como los resultados que se obtengan sean los adecuados. Después se procesaron las imágenes adquiridas con el plugin Zooprocess de ImageJ que permite identificar, contar y medir las diferentes partículas presentes en una muestra.
Por último, Nerea le enseñó a Iñaki la aplicación Ecotaxa en la que pueden importarse las viñetas que se obtienen de Zooprocess, para realizar el set de entrenamiento y posteriormente la identificación automática de las imágenes que se vayan adquiriendo.
Finalmente, Iñaki regresó a Murcia con toda la información necesaria para poder comenzar con los análisis del zooplancton del mar Menor con análisis de imagen, desde el Laboratorio de Plancton esperamos que con esta visita, su arranque allí sea más fácil y rápido.
En esta línea de transferencia de tecnología, poco a poco iremos subiendo al blog los diferentes protocolos que Nerea fue transmitiéndole a Iñaki durante su visita. Así que si te interesa ¡suscríbete al blog para no perdértelos!
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| Iñaki y Nerea en el laboratorio de biología del C. O. Málaga mientras Nerea le enseña la aplicación web Ecotaxa. |
En el C.O. Murcia han adquirido recientemente un escáner para análisis de zooplancton y la visita de Iñaki estaba orientada a su próxima puesta en marcha. Durante los días que duró su visita al C.O. Málaga, Nerea, del Laboratorio de Plancton le enseñó a Iñaki todos los detalles sobre el proceso completo de análisis de una muestra. Comenzaron con la descarga e instalación del software necesario para realizar el trabajo, asegurándose de que estuviese completamente operativo en el ordenador de Iñaki. Posteriormente continuaron con la preparación de la muestra realizando la adquisición de imágenes de diferentes alícuotas. Una vez digitalizadas las imágenes, Nerea le explicó a Iñaki la estructura que deben tener los metadatos para asegurar que tanto el procesado como los resultados que se obtengan sean los adecuados. Después se procesaron las imágenes adquiridas con el plugin Zooprocess de ImageJ que permite identificar, contar y medir las diferentes partículas presentes en una muestra.
Por último, Nerea le enseñó a Iñaki la aplicación Ecotaxa en la que pueden importarse las viñetas que se obtienen de Zooprocess, para realizar el set de entrenamiento y posteriormente la identificación automática de las imágenes que se vayan adquiriendo.
Finalmente, Iñaki regresó a Murcia con toda la información necesaria para poder comenzar con los análisis del zooplancton del mar Menor con análisis de imagen, desde el Laboratorio de Plancton esperamos que con esta visita, su arranque allí sea más fácil y rápido.
En esta línea de transferencia de tecnología, poco a poco iremos subiendo al blog los diferentes protocolos que Nerea fue transmitiéndole a Iñaki durante su visita. Así que si te interesa ¡suscríbete al blog para no perdértelos!
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